「水性木部用下塗りシーラー透明」の取り扱い上の注意欄に「木目を生かす透明仕上げの場合、本品の塗装は不向きです。」と書いてありますが、どういう意味でしょうか?密着性が悪いという意味でしょうか?

「木目を生かす透明仕上げ」は、木部に浸透することで仕上がるステイン、木部の艶出しに使用するニスやワックス、ウレタンクリヤーなど木部に透明な塗膜を形成するウレタンクリヤーがあり、いずれも木の肌が見える状態で仕上がります。
これに対し「水性木部用下塗りシーラー透明」は、木目を活かさず完全に色付けするペンキ仕上げ専用の下塗り塗料です。「木目を生かす透明仕上げ」の場合、本製品の塗装は必要がないため、このような表記をさせていただいております。

水性ウッデイリコートのウォルナットで木部を塗り替えました。
同じ缶の製品を初日の1回目塗りと翌日の2回目塗りに使用しましたが、
翌日の2回目塗りは初日と一変した明るい色に仕上がりました。
なぜ、こんなに色の違いが出るのでしょうか?

塗料はさまざまな顔料が混ざり合っており、それぞれ重さが異なります。それらは時間の経過とともに重い顔料は沈み、軽い顔料は液体の表面に浮くという分離状態となります。
従って塗料を使用される際は、都度、十分に撹拌いただく事で、本来の色が出るようになります。

塗装前にSPF材をヤスリ掛けしてから水性塗料を塗装しました。表面に、気泡が発生したのはなぜですか?

表面の木管に含まれた空気が上がってきたことが原因と考えられます。乾燥時の毛羽立ちや木材に残っていた多少の水分が原因になることもあります。

「水性ウッディガード」をイペ材に塗装しましたが、はがれてくるのはなぜですか?

浸透型の塗料ですが、イペ材などの堅い木材には塗料が浸透していきませんので、密着しないことがあります。