「水性木部用下塗りシーラー透明」の取り扱い上の注意欄に「木目を生かす透明仕上げの場合、本品の塗装は不向きです。」と書いてありますが、どういう意味でしょうか?密着性が悪いという意味でしょうか?

「木目を生かす透明仕上げ」は、木部に浸透することで仕上がるステイン、木部の艶出しに使用するニスやワックス、ウレタンクリヤーなど木部に透明な塗膜を形成するウレタンクリヤーがあり、いずれも木の肌が見える状態で仕上がります。
これに対し「水性木部用下塗りシーラー透明」は、木目を活かさず完全に色付けするペンキ仕上げ専用の下塗り塗料です。「木目を生かす透明仕上げ」の場合、本製品の塗装は必要がないため、このような表記をさせていただいております。

プリント合板に塗れますか?

塗れません。はがれてしまいます。

自然発火とは、どういうものですか?対処方法を教えてください。

自然発火とは、揚げ物の油かす・油性塗料(アルキド樹脂塗料)・ワックスなどが、乾燥の際に発熱し出火する現象です。塗装した部分は発火しませんが、これら材料を廃棄する際に多くみられる現象です。
対処方法・・・塗料やワックスなどが付着した布・シート・ダンボールなどは、必ず水で湿らせてから廃棄してください。ビニール袋や容器で密封してしまうなどの熱がこもる状態は避けてください。詳しくは下記URLをご参照ください。
https://www.nipponpaint.co.jp/topics/hakka.html

ゴールドメタリックを木部に塗装すると、塗りはじめはゴールドですが、
次第にシルバーになってしまうのはなぜすか?

木部の吸い込みが原因です。木部用下塗スプレーを塗るか、何か他の色をあらかじめ塗って、吸い込みを止めるとメタリックがきれいに出ます。